قام المعهد بفتح أبوابه أمام عدة دول طلبت من المغرب استقبال أفواج من أئمتها ليتكونوا بمعهد محمد السادس بالنظر إلى أن المغرب يعتمد مذهبا مالكيا وسطيا ومتسامحا وذلك لمواجهة التشدد والتطرف. ومن بين هذه الدول نذكر مالي وتونس وفرنسا وغينيا وساحل العاج ونيجيريا والتشاد.
وكانت دولة مالي من السباقين للاستفادة من هذا البرنامج فقامت بإرسال مجموعة من الطلبة الأئمة من أجل التكوين والتأطير في المجال الديني والشرعي بصفة عامة وإليكم عدد الطلبة المتخرجون من المعهد ومدة الدراسة لكل جنسية:
| الدولة | عدد الخرجين | تاريخ بداية التكوين | نوع التكوين | مدة التكويين |
| فرنسا | 60 | 2015 | أساسي | ثلاث سنوات |
| مالي | 395 | 2014 | أساسي | سنتان |
| ساحل العاج | 184 | 2015 | أساسي | سنتان |
| غينيا كوناكري | 198 | 2015 | أساسي | سنتان |
| تونس | 37 | 2015 | أساسي | سنة واحدة |
| نيجيريا | 94 | 2016 | مستمر | 3 أشهر /6أشهر |
| التشاد | 79 | 2016 | مستمر | 3 أشهر /6أشهر |
