تتكون أجهزة المعهد من مدير ومدير مساعد في الشؤون البيداغوجية وكاتب عام ولجنة علمية بالإضافة إلى مصالح إدارية.
يعين المدير بظهير شريف لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد.
يسير مدير المعهد مجموع المصالح الموضوعة تحت سلطته، ويكون مسؤولا عن تطبيق نظام التكوين به، وعن الاحترام التام لقواعد الانضباط داخله. ومن مهامه كذلك:
- إبرام اتفاقيات التعاون والشراكة باسم المعهد؛
- إعداد برنامج سنوي باسم المعهد؛
- التوقيع على الشهادات التي يسلمها المعهد؛
- إعداد النظام الداخلي للمعهد.
يساعد المدير المساعد في الشؤون البيداغوجية المدير في تطبيق نظام التكوين بالمعهد وفي تدبير شؤونه التربوية.
يعين المدير المساعد في الشؤون البيداغوجية بمقرر للسلطة الحكومية المكلفة بالأوقاف والشؤون الإسلامية، بناء على اقتراح من المدير، من بين الموظفين الرسميين أو الأعوان المتعاقدين المرتبين، على الأقل، في درجة متصرف من الدرجة الثانية أو في إحدى الدرجات ذات الترتيب الاستدلالي المماثل والمتوفرين على تجربة في المجال التربوي لمدة لا تقل عن أربع سنوات.
يساعد الكاتب العام المدير في إدارة المعهد. يعين الكاتب العام بمقرر للسلطة الحكومية المكلفة بالأوقاف والشؤون الإسلامية، بناء على اقتراح من المدير، من بين الموظفين الرسميين أو الأعوان المتعاقدين المرتبين، على الأقل، في درجة متصرف من الدرجة الثانية أو في إحدى الدرجات ذات الترتيب الاستدلالي المماثل والمتوفرين على تجربة في مجال التدبير الإداري لمدة لا تقل عن أربع سنوات.
يستفيد المدير المساعد في الشؤون البيداغوجية والكاتب العام من نفس التعويضات المرتبطة بالمهام الممنوحة لرؤساء الأقسام بالإدارة المركزية.
يحدد النظام الداخلي للمعهد مهام الكاتب العام، و قواعد الانضباط داخله، وكيفية تكوين المجلس التأديبي للطلبة، وشروط انعقاده، وطريقة تسييره، والعقوبات التأديبية التي يمكن تطبيقها في حق مرتكبي المخالفات
يوافق على النظام الداخلي للمعهد بقرار للسلطة الحكومية المكلفة بالأوقاف والشؤون الإسلامية.
تكلف اللجنة العلمية باقتراح جميع التدابير المتعلقة بوضعية الاساتذة العاملين بالمعهد، وخاصة فيما يتعلق بتوظيفهم وترسيمهم وترقيتهم و تأديبهم. يحدد تكوين اللجنة العلمية، وكيفية تعيين أعضائها، وقواعد سيرها، بقرار للسلطة الحكومية المكلفة بالأوقاف والشؤون الإسلامية بناء على اقتراح من مدير المعهد.
